流腦和乙型腦炎雖然都是腦子有病，但是它們不是相同的，而是完全不同的兩個病，不要混為一談。我們可以從以下4個主要方面加以區別。
(1)從引起疾病的病原來看，乙型腦炎是由乙型腦炎病毒引起，乙型腦炎病毒要用電子顯微鏡放大1萬倍以上，才能看見；而流腦是由細菌引起的，腦膜炎雙球菌用普通顯微鏡放大，幾百倍就能看到。
(2)從傳播途徑來看，流腦是借空氣，通過人的呼吸道傳播；乙型腦炎是由于受到帶有乙型腦炎病毒的蚊子叮咬才得病的。
(3)從流行季節看，流腦主要在冬末春初季節流行；而乙型腦炎流行在夏秋季節。
(4)從病變的部位來看，乙型腦炎的毛病主要在腦組織，以大腦、腦干的損害比較嚴重，醫學上叫做腦實質的損害；而流腦的毛病主要發生在腦脊髓膜，特別是蛛網膜及軟腦膜，一般腦實質的損害比較輕微，所以稱腦膜炎。
