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急性感染性腹瀉患者于常規(guī)做細(xì)菌培養(yǎng)的同時(shí)，如懷疑有病毒感染可能者應(yīng)做糞便病毒分離和特異性的血清病毒抗體檢測(cè)，必要時(shí)用電鏡判明病毒病原的性質(zhì)。
急性腹瀉恢復(fù)期，對(duì)早期有膿血便和病原陽(yáng)性的患者，可做乙狀結(jié)腸鏡檢；對(duì)治療不順利或有慢性化趨向者，鏡檢有陽(yáng)性發(fā)現(xiàn)者可進(jìn)行活體組織檢查。
慢性腹瀉患者一般宜先行直腸或乙狀結(jié)腸鏡檢查，必要時(shí)做纖維結(jié)腸鏡或纖維小腸鏡檢查，對(duì)所見腸道粘膜的炎癥性或贅生性病變等具有肯定的診斷價(jià)值。懷疑膽道和胰腺病變時(shí)，做內(nèi)鏡逆行胰膽管造影（ＥＲＣＰ）有重要價(jià)值。
Ｘ線鋇餐、鋇灌腸檢查和腹部平片，可顯示胃腸道病變，運(yùn)動(dòng)功能狀態(tài)，膽石、胰腺或淋巴結(jié)鈣化或部分腸梗阻等病變。對(duì)消化道有無(wú)器質(zhì)性病變和病變部位，常有明確診斷價(jià)值。
Ｂ超、ＣＴ或ＭＲＩ（核磁共振）常可了解肝、膽、胰等內(nèi)臟病變，對(duì)癌和消化系腫瘤引起的腹瀉尤有價(jià)值。
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