痛經是子宮內膜異位癥常見的典型癥狀，痛經的特點是從經前開始，持續整個經期，甚至延至經后數日消失。痛經呈進行性加重，程度與病變的部位有關，疼痛的部位多在下腹正中或偏向一側。但也有20%的病人沒有痛經癥狀。
異位病灶反復出血或感染，引起粘連，使子宮固定，影響輸卵管蠕動和輸送卵子。當雙側卵巢有較大的內膜異位囊腫，可干擾卵巢排卵，所以異位癥患者中30%～40%伴有不孕，不孕癥中30%～50%有子宮內膜異位癥。
當內膜異位于子宮直腸窩、陰道穹隆或會陰傷口處，常可引起性交痛或不適。子宮內膜異位癥還可以因為卵巢間質受破壞或內分泌障礙，引起月經量過多或經期延長。部分病例有低熱，多發生在月經后。累及膀胱或輸尿管的子宮內膜異位癥，可產生泌尿系統癥狀，如尿頻、尿急、排尿困難或血尿等，類似尿路感染。
